SWATH定量蛋白質(zhì)組學

服務(wù)介紹：

　　蛋白質(zhì)組學(Proteomics)指的是大規(guī)模、高通量地研究一個細胞、組織或物種中表達的全套蛋白質(zhì)的學科。近十年來，質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展大大推動了的蛋白質(zhì)組學的進步，基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學已經(jīng)成為蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域必不可少的技術(shù)手段。通過蛋白質(zhì)組學技術(shù)可以對生物樣本中的蛋白質(zhì)、翻譯后修飾位點(如磷酸化)進行大規(guī)模地鑒定或定量，進而從高通量的數(shù)據(jù)分析中挖掘有價值的信息和規(guī)律，為功能機制的探究提供線索和基礎(chǔ)。2003年，人類基因組計劃(HGP)完成精細圖的繪制后，同年，人類蛋白質(zhì)組學計劃(HPP)隨即開展起來，反映了科研領(lǐng)域?qū)Φ鞍踪|(zhì)組學的重視。經(jīng)過十年時間，多家單位的共同努力下，人類蛋白質(zhì)組草圖也于2014年在Nature雜志公布了。

　　SWATH/DIA是一項區(qū)別于DDA采集的全新的、全息式的質(zhì)譜技術(shù)，基于靜電場軌道阱 Orbitrap 的數(shù)據(jù)非依賴采集(Data Independent Acquisition, DIA)是賽默飛為用戶帶來的一項全新的、全息式的質(zhì)譜技術(shù)。DIA 將質(zhì)譜整個全掃描范圍分為若干個窗口，高速、循環(huán)地對每個窗口中的所有離子進行選擇、碎裂、檢測，從而無遺漏、無差異地獲得樣本中所有離子的全部碎片信息。因此，SWATH能夠?qū)碗s樣品中幾乎所有可檢測的分子進行定量測定。SWATH綜合了shotgun proteomics高通量檢測的特點與精準定量分析的優(yōu)勢，是真正意義上的全景質(zhì)譜檢測手段MS/MS ALL。

　　實驗流程：

　　蛋白提取—蛋白酶解—肽段富集—高分辨質(zhì)譜檢測采集數(shù)據(jù)(DDA建庫后DIA采集數(shù)據(jù))—數(shù)據(jù)庫檢索—數(shù)據(jù)分析

　　送樣運輸要求：

　　1、蛋白樣本

　　①蛋白量大于100ug，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②建議測定蛋白濃度后，液氮速凍，避免蛋白降解，另外需要告知蛋白溶液的緩沖液成分和濃度，方便實驗室收到后進行后續(xù)處理。

　　③膠條、膠點樣本不建議進行定量蛋白質(zhì)組學。

　　2、細胞樣本

　　①細胞量1x10⁷個，收集細胞沉淀，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養(yǎng)基成分，然后離心去除上清保存。

　　3、血清樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣本應(yīng)盡量避免溶血。

　　4、血漿樣本

　　①樣本量500uL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣本應(yīng)盡量避免溶血。

　　5、尿液樣本

　　①樣本量2mL，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②樣品應(yīng)盡量避免帶入糞便殘渣。

　　6、動物組織樣本

　　①樣本量300mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液沖洗表面血液，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時結(jié)冰。

　　③固定液浸泡過的樣本無法進行檢測。

　　7、植物組織樣本

　　①樣本量500mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液沖洗表面泥沙，并用濾紙吸干多余水分，避免凍存時結(jié)冰。

　　③固定液浸泡過的樣本無法進行檢測。

　　8、微生物樣本

　　①樣本量干重200mg，-80℃保存，純干冰運輸，避免反復凍融。

　　②收集時，用預冷PBS緩沖液清洗三次，去除培養(yǎng)基成分，然后離心去除上清保存。

SWATH定量蛋白質(zhì)組學